在污水驗毒的整個采樣過程中，自動采樣設備具有其自身的優勢，它可以自動采集連續樣品或一系列樣品而不用人工參與，尤其是應用在采集混合樣品方面其具有人工無法比NI的優點。適宜的設備類型的選擇取決于特定的采樣情況，例如，為了評估一個區域的毒PIN使用情況，可以選擇使用一個連續流量比例的水樣采集設備，利用一個全自動水質采樣器系統。

自動采樣器可以連續或不連續采樣，也可以定時或比例采樣。

自動采樣設備可以被設定在預定的時間間隔內采樣，或者由外部因素引發采樣或暫停采樣，例如，啟恒環保污水驗毒采樣器可以實現當當地的天氣情況為降雨時自動暫停采樣工作，當天氣狀況轉好時，自動恢復采樣。許多時間間隔采樣在一個周期內采集12個樣品，通過對時間的設定可以在不同的時間周期內采集12個樣品，常見的時間設定可以覆蓋一晝夜24小時，也就是每隔2個小時采集一個樣品；也可以混合樣品，每一個小時或者半個小時采集一次樣品，然后每個樣品瓶收集2個或4個樣品的混合樣。

如果采集后的樣品需要在采樣器中放置一段時間，應確保樣品不分解化學成分不發生大的變化。這時可以采用使用采樣器的恒溫冷藏或者冷凍功能，尤其在污水驗毒領域，將恒溫箱溫度設置零度以下，使采集到的污水樣品結冰冷凍以確保水質在采集結束后進行水質分析化驗不發生大的結果變化。